消毒是綜合防控措施中的重要一環(huán)，消毒的目的是消滅環(huán)境中的病原體，切斷傳播途徑。阻止疫病的蔓延。
（1）正常情況下，飲水槽和料槽每周應消毒一次；圈舍、走道、牧工宿舍每月應消毒一次；產房每次產羔前都應全面消毒；新購羊只入舍、轉群、出欄騰圈都應消毒。疫病流行時每天都應全面消毒。
（2）消毒的方法有物理消毒、生物消毒及化學藥物消毒3種。物理消毒主要是用紫外線消毒，生物消毒是將糞便、污物堆積發(fā)酵處理，最常用的還是利用化學藥物進行消毒。
（3）消毒時，應將羊舍、運動場等處糞尿污物清掃干凈，再噴灑消毒液。消毒液可交替使用10%--20%的石灰乳、2%--5%的氫氧化鈉、0.5%的過氧乙酸、3%的福爾馬林等。